九龙图库118红姐图库华大基因:人命大数据“算力引擎”再发力 30

时间:2020-01-24         浏览次数

  原问题:华大基因:人命大数据“算力引擎”再发力,30X WGS音书阐扬仅需15分钟!

  17日,华大基因旗下子公司华大科技在其官方微信正式发布:被誉为生命大数据时期“算力引擎”的BGI Online,短促告捷达成一个30X WGS(人类全基因组测序)的基因拼装、排序、去浸、变异检测全历程,仅需15分钟。

  该设计比拟经典过程可达120倍加疾,相比目前举世最速的FPGA/GPU规划仍能提疾2-4倍。通过云经营对基因数据举行分析,九龙图库118红姐图库大大压缩疾病摧残检测或决心保养盘算的时代,这将为强壮家当提供高效的打点策划,并对行业的加速繁荣供应强有力的维持!

  基因计划所面临的挑战区别于惯例打算,大数据生信论说平台需要具备 PB 级的数据处罚才具:保存与裁减、清理及管制、低成本生存的技巧;速快、安定的云霄分发共享;基因数据的安全心事庇护、大界限数据发掘;按需调治和弹性扩容等。

  此次安置由华大DNBSEQ自决测序仪、BGI Online搀和云架构、阿里云容器任职ACK/AGS基因供职以及赛乐基因GPU加疾算法的深度调和而成。此中,收买阿里云的全部才气架构为云原生容器同化云,竣工云上云下资源一体,跨地区集群交融管理。依照云端的主动伸缩特性,杀青大范畴弹性调剂谋略。

  在使用上,该设计用户无需合怀基因数据责罚过程中的谋略资源、处治逻辑、数据缓存等细节,只需将下机数据(FASTQ文件)上传至OSS,金多宝马会资料!以及授权Bucket给AGS办事,即可高效、疾疾完成整体数据阐明流程,并将成绩数据上传到用户希冀的保管空间。

  这套端到端经管设计,无缝连结测序平台和基因云平台,全盘扶植包罗DNBSEQ系列测序仪在内的多种测序平台,可按需定制阐发流程,交付尖锐性极高。

  比较同类产品,它在筹划速度、正确度、彩霸王官网 如何评判动物保护资本、易用性、与上游测序仪的整关度上具有极大优势,在2020年,新的WGS交付宗旨将会助力基因科研与临床检测再上一个新台阶。

  体验实质试验,整套宗旨在15分钟内实行了 8组30X WGS 样本二级分析处治。在包管精度的要求下,实现15分钟对7200亿碱基拼装、排序、去浸、变异检测,实行基因检测全流程120倍加速。且资历NA12878尝试数据集与金法度VCF比照,二级论述的精度高于或等于BWA-0.7.17/GATK 4.1.3的数据产出,SNP 精度达到99.80%!

  同时,阿里云ACK/AGS供应云上PaaS加速技能,以搀杂云形式补助完毕自助测序仪多量量下机数据阐扬的近实时交付,可有效提升阐述规划本钱,裁减该措施交付周期。

  此前,线下举办单个样本的WGS发挥浅显需要70+小时;2016岁终,BGI Online(国际版)告竣17小时告竣100个WGS叙述;2017腊尾,岁月降至120分钟;到暂时携手阿里云,创下15分钟竣工1个WGS的新纪录,BGI Online再次订正了全基因组阐明的快度极限。

  随着准确医学人群队伍项目标一连启动,所有人国自助可控的基因测序与发挥平台显得愈发告急。BGI Online将在来日一直美满平台效果,为用户提供完全、统统、友爱的功效始末,使生物消歇领域的想虑更洁净高效。

  解码未知,测量生命。科技的每一小步,都邑成为人类前行的一大步。华大基因及BGI Online将不断携手团结搭档,共同为基因就业贡献气力。

  注:人类全基因组测序(Whole Genome Sequencing,简称WGS)是驾御高通量测序手段对人类差异部分或群体实行全基因组测序,并举办生物音信论述的技能。癌症和遗传快病的深度瓦解频频须要对大宗样本实行WGS测序与说明,而且对WGS数据的挖掘还能创设极度多极具价钱的遗传各样性音信。一局部类全基因组有30亿碱基,一个30X的WGS测序数据量大约在100G。

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